La época prehispánica marca una parte muy importante en la fundación de León.
Desde esta época, la religión que hoy ocupa León fue frontera y encrucijada cultural. Hoy sitios arqueológicos de cierta importancia, siendo del horizonte preclásico lo más antiguos. La cultura de Chupícuaro se extendió hasta esta zona. Del horizonte clásico hay figuras teotihuacanoides. Después de la caída de Teotihuacán, Tula jue la influencia hegemónca pero al desplomarse está, nómadas de los grupos Chichimecas, como guamares y pames, invadieron el bajío abandonándose los asentamientos sendentarios.
Aunque las investigaciones arqueológicas son limitadas en toda la zona noroeste del estado de Guanajuato, se han podido definir tres fases de ocupación: La primera asociada cronológicamente del Clásico medio (100 – 650 d.C) y que presenta similitudes con la cerámica teotihuacana de la misma época. La segunda fase corresponde al Clásico tardío (650 – 900 d.c.) en la cual se aprecia un mayor auge poblacional y una relación muy clara con la región de Río Verde, por la asociación de tipo cerámico Zaquil Negro. La última fase de ocupación está denominada por formas de tradición Tolteca. Este asentamiento ha sido considerado como un sitio rural de Mesoamérica.
En la mayoría de los asentamientos se comparte el Patrón tectónico ya identificado en otros sitios del estado y que corresponde a la existencia de plataformas rectangulares, en donde se combinan espacios cerrados, montículos Piramidales a madera de adoratorios y altares; Juegos de Pelota, así como sectores de cultivo y habitación fuera de los núcleos principales. Podemos decir que cronológicamente todos los sitios del municipio se relacionan con el momento de la máxima expansión cultural de la frontera mesoamericana (600 – 900 d.C) con la posibilidad de que este rango de ocupación pueda variar en ciertos casos, como por ejemplo en los sitios de Patrón circular representados en la zona occidental del municipio, los cuales pueden pertenecer a una etapa más temprana.
ÉPOCA VIRREINAL
Durante el Siglo XVI los Chichimecas incursionaron en la Sierra de Comanja ya en la época novohispana. Nuño de Guzmán y sus aliados tarascos llegaron el día 2 de Febrero de 1530 al actual territorio del municipio, llamado al lugar Valle de Nuestra Señora. La denominación agrícola y ganadera por parte de los españoles inicia a partir del año 1546, con estancias que le fueron concedidas y que eran constantemente hospitalizadas por los grupos Chichimecas de la región. Ante está situación, los Peninsulares solicitan a las autoridades virreinales la fundación de un poblado Mayor para encontrar una mejor protección.
El 12 de diciembre de 1575 el Virrey de la Nueva España Martín Enríquez de Almanza expide un decreto para fundar un poblado en el llamado Valle de Señora, en las tierras de Juan Jasso. El asentamiento tendrá categoría de Villa si residieren en él cien vecinos o categoría de Villa si solo fueren cincuenta. Este mandato se cumple el 20 de enero de 1576 por el capitán Juan Alonso de Torres, Juan Bautista de Orozco y un grupo de españoles e indígenas, los cuales fundan la Villa de León realizando el trazo de la misma e instalando su primer ayuntamiento. Se decidió darle este nombre por ser el lugar de Procedencia del Virrey, el Reino de León. Los indígenas son agrupados en los Pueblos de San Miguel y el Coecillo, al sur y nororiente respectivamente.
